病理組織検査は、病変の腫瘍が良性か悪性かの診断をはじめ、悪性の場合には癌がどの程度広がっているか、リンパ節に転移がないかなど詳しく検査し、その結果により治療方針が決定される重要な検査です。胃や腸の内視鏡検査で採取した組織や手術により切除された臓器・組織が対象となります。これらの組織はホルマリン固定し、病理医による切出しの後、パラフィン包埋し、2～3ミクロンに薄切したものをスライドガラスにのせ色素で染色します。それを病理認定医が顕微鏡で観察し、診断します。必要に応じて特殊染色を行い、蛋白の発現や病原体、炎症、線維化の程度などを証明します。

細胞検査は、子宮癌や肺癌検診でも行われている検査で、綿棒やブラシなどで擦過、および針で刺して吸引採取してきた細胞をスライドガラスに塗抹して種々の色素で染色を行い、悪性細胞の判定や病原体を検索します。細胞診は、病理検査に比べ侵襲が少なく、精度の高い検査ができることを特徴としています。